Если грузятся только изображения то просто примените функции GD
Например imagecreatefromjpg (разумеется сначала нужно определить ее тип) и потом просто сохраните imagejpg($imagecreated, $filename); в нужном Вам месте. естественно при этом не забыть прописать исключения.
Для большей параноидальности в каталоге сохранения можно отключить выполнение скриптов через .htaccess
Ну и статья по теме:
habrahabr.ru/post/44610