l2tp/ipsec настраиваются примерно так:
nixman.info/?p=2308. Про настройку l2tp/ipsec между двумя микротами есть на вики микротика, заводится на раз-два.
Ну а дальше настраиваете статику в сторону HQ (возможно даже не дефолт, если не хотите грузить VPN вконтактиком из филиалов), на головном роутере разруливаете фаерволом, кто и куда может ходить.