То что у вас не совсем валидный JSON
import json
data = json.loads("""
{"2000000003": {"amv": true, "amvl": true, "whoa": true},
"2000000004": {"amv": true, "amvl": true, "whoa": true}}
""")
data["2000000004"]["amv"] = True
если это в файле:
Тремя циклами это жесть, можно и одним же - просто файл поменять потом.
key = "2000000004"
with open("file.json","r") as inp, open("temp.json", "w") as out:
for line in inp:
linej=json.loads(line)
if key in linej:
linej[key]["amv"] = False
line = json.dumps(linej)+"\n"
out.write(line)
os.remove("file.json")
os.rename("temp.json","file.json")