Самая большая проблема электрона в том, что большинство тех кто пишет на JS писать на нем не умеет...
Да небольшой оверхед у электрона присутствует, в виде порядка 15М оперативы на хромиум и ноду вместе, проц само по себе это все жрет разве что на старте.
Все остальное, за что электрон хейтят - кривые ручки так сказать программистов, которые на нем пишут...
P.S.
- если Вам нужно кросплатформенное десктоп приложение с UI и Вы при этом хорошо владеете JS+HTML+CSS - electron.js действительно лучший вариант
- если Вам нужно десктоп приложение под конкретную ОС и Вы при этом владеете только JS+HTML+CSS - electron.js хороший вариант, но все же лучше писать на нативных GUI (например на UWP для винды или на GTK+ для лини)