Сергей Доронин: ну как бы браузер есть в каждой операционной системе. Мало ли у вашего десктопа со будет серверная часть. Или к вашему десктопное приложение будет состоять из full и demo версий, и в зависимости от локального сервера будет запускать в определенной конфигурации.
Chvalov: на данный момент JavaFX является прогрессирующим направлением, и как следствие не имеет обширного спектра программ, а точнее аналогов - это печалит.
Павел Малышев: смотри, пока мозги не засраны. Попробуй сначала один, потом второй. А дальше как пойдёт. За тебя выбор сделает твой мозг, по восприятию информации.
Если проект Maven, то там можно прописать зависимые директории. А что мешает прописать относительный путь типа "*/shoping-fx/target/shoping-fx-1.0-SNAPSHOT.jar!/html/jquery-ui.js"?