Работаю в Intellij Idea. В проекте есть библиотеки jquery, css и т.д. Просто при запуске все хорошо, но если я собираю jar файл то в нем нет ни стилей и не работает javascript
телепатов и эстрасенсов нет, напиши подробнее. Проект какого типа (простой, maven, др.)? чем в jar собираешь?
Покажи код, в котором добавляешь/определяешь стили. Покажи структуру проекта. Опиши как собираешь jar и жедалательно постмотри все ли при сборке положилось куда надо.
Проблема скорее всего в путях к стилям, скриптам и тд, указаны они относительно или абсолютно, а подгружаются они как ресурс (изнутри jar) или им надо лежать рядом с jar?
Maven! В класс-патч указываешь зависимые библиотеки. А в папку resources кидаете css, jquery. При сборке включаете нужные папки. Это делается в file -> project structure.