Даниил Демидко: ну как же, JDK это же Java Development Kit, как раз таки набор всего нужного для разработки программ на Java, Вы же разрабатывать хотите? Тут нужно понимать отличие JDK от JRE (Java Runtime Environment), JDK - позволяет писать программы на Java, JRE - запускать программы на Java.
SE - это база, EE - так сказать надстройка (расширяет SE).
Лично моя рекомендация - сразу EE, ибо потом начнется нужна библиотека mail.* и еще какая нибудь.
SE, проекты Maven-ом собирать, там если что то надо, укажешь дополнительные зависимости. И лучше поконкретнее изучить ядро.(Коллекции, полиморфизм, наследование, static, I/O, исключения, многопоточность).