технология RMI выдержит?
практически любая технология выдержит, если выдержат Ваши аппаратные ресурсы. В основном это сеть и дисковая подсистема, но может быть и нагрузка на ОЗУ сервера приложений, т.к. многие технологии прежде чем сохранить файл на диск, загружают его байтовое представление в ОЗУ сервера. Насчёт "
~1000 человек" - эта цифра ни о чём не говорит, в данном случае следует считать количество и размер загружаемых/скачиваемых файлов а не абстрактных пользователей.
Как правильно реализовать?
Если Вы используете спецификацию JSF для построения клиентской части, то логично использовать средства загрузки файлов, предоставляемые библиотеками/фреймворками, реализующими эту спецификацию - практически все они имеют компоненты загрузки файлов на сервер. Я рекомендую использовать PrimeFaces - это активно развивающийся, богатый компонентами фреймворк. У них есть несколько вариантов компонента загрузки файла(-ов) на сервер, начать можно с
этого
Касательно RMI - он здесь вообще не к месту. JSF работает в браузере, используя протокол HTTP, поэтому и для загрузки файлов логично использовать тот же протокол.