Шифрование это видоизменение информации, таким образом чтобы ее без ключа прочитать невозможно было.
Никаких сертификатов для этого не требуется.
Сертификат это криптографический документ удостоверяющий личность или организацию.
Его используют совместно с шифрованием для того чтобы четко понимать кто что подписал и кому можно доверять.
Сертификаты может выдавать кто угодно - сгенерировать сертификат может любой школьник за несколько секунд.
Но главное в сертификате доверие - поэтому сертификат должен быть выдан центром сертификации которому пользователь будет доверять.
Пользователь добавляет все центры сертификации которым он доверяет в "Доверенные" и сразу появляется доверие ко всем сертификатам выданным этими центрами.
и в чем в целом разница между подписью и шифрованием файла,
А в чем разница между жирафом и зеленым?
Вот в этом же разница и между подписью и шифрованием.