Права на запись, изменение, удаление только у пользователя Backup
Этот пользователь не должен быть администратором, и от имени этого пользователя не должны запускаться никакие программы кроме бэкапа.
У всех остальных, особенно у администраторов не должно быть прав на запись, изменение, или удаление архивов.
1. Как правильно бэкапить: на диск для архивов или на том?
Не совсем понятна разница. Вообще система работает с томами - буква присваивается тому. В принципе можно писать данные на том без буквы, а вот как вы будете работать с диском непонятно. Это уже софт нужен специальный.