АртемЪ

Никакой разницы.
В потолок SATA2 скорость упирается только при последовательном чтении, что крайне редко.
В общем все что вы потеряете - не сможете получить шикарные показатели линейного чтения на синтетических тестах.

Драйвера разными бывают, поэтому универсального рецепта нет.
Ставите драйвер руками, смотрите где происходят изменения - какие файлы куда копируются, какие записи в реестр вносятся, нужно ли какие то библиотеки регистрировать.
Потом пишите инсталлятор который будет делать те же действия самостоятельно.
Проверяете на десятке потенциально возможных ОС, если надо корректируете логику в зависимости от модели ОС.
Ну и как вам уже сказал Виталий Пухов, вам придется озаботится покупкой сертификата, чтобы подписать драйвер.

Не рекомендую.
1)Шум.
2)Потребление электроэнергии.
3)Габариты.
4)Внешний вид.
5)Пожароопасностью

Если нужен сервер, купите плату с интегрированным процессором atom или celeron, и сделайте сервер на ее базе. Или возьмите неттоп.
Это будет дороже, но со временем окупиться на электроэнергии.
Так же можно добиться практически безшумной работы.
Современные платы очень компактные, и можно подобрать корпус который прилично выглядит.
Ну и в плане пожароопасности старый комп, более опасен.

По поводу электроэнергии - сервер собранный на современном железе при лучших характеристиках производительности, будет потреблять 10-50ватт в зависимости от нагрузки. Это примерно 300-1800рублей в год.
А сервер собранный на старом железе такого уровня будет менее производительным и будет кушать 70-120ватт. Это 2500-4000рублей в год.

В общем домашний сервер штука нужная, и во многих случаях без нее не обойтись, но лучше сразу задуматься о потреблении электроэнергии,габаритах, внешнем виде, и уровне шума.

Разумеется нет.
Вы собрались защищаться от четырехгигабитного DDOS'а сидя на пятидесятимегабитном интернет канале домашнего провайдера?

Чтобы самому организовать защиту нужно для начала купить хороший интернет канал, - предложите вашему провайдеру отключить всех клиентов, и продать его канал вам, закупите путнее сетевое железо, вот тогда будет смысл.
Бюджет 40.000 рублей вполне приемлем, только надо заменить "рублей" на "долларов" и дописать один-два ноля.

А если вам просто нужна защита сайта - есть куча специализированных сервисов, и ценник там вполне адекватный.

А при чем тут 21миллион?
Блоки будут создаваться постоянно, от количества биткойнов это не зависит.
Блок это как раз и есть пачка транзакций на подтверждение, при чем тут количество биткойнов?

Майнеры обсчитывают блоки, в награду за расчет им дают биткойны.

Как написать bat-файл?

Создать текстовый документ, изменить разрешение на .bat, открыть его в текстовом редакторе и нажимать клавиши на клавиатуре.

Как написать bat-файл, который бы компилировал файлы

bat файлы умеют выполнять код на встроенном скриптовом языке, компилировать они ничего не умеют. Для этого нужен компилятор.

1. NAS или Сервер?

При таком бюджете на NAS точно не хватит, поэтому выбор очевиден.

2. если сервер, как по вам, подойдёт ли такой сервер или вы бы собрали что то иное?

Вполне, нормально, если скорость не критична, если хочется пошустрее можно посмотреть в сторону целеронов.
Удивляет только мощность блока питания в вашей конфигурации, вы что еще и видеокарту топовую туда собрались ставить? Зачем там БП на 600ватт? Оптимально 100-150ватт.

3. если NAS, какой посоветуйте для моих нужд, без всякой там чепухи типа DNLA

Нет таких, чтобы с дисками в 30тыс влезли.

4. чем лучше объединять HDD в единый радел: RAID0, LVM, mhddfs и почему?

Зависит от того, что вы хотите в итоге получить. Думаю в вашем случае LVM оптимально.
Если данные не нужны, и вы не боитесь их потерять можно и Raid0 использовать.

5. что вы думаете на счёт облака, посоветуйте недорогие варианты с настройкой под linux из консоли

А что нужно думать насчет облака? И что нужно там настраивать из консоли?

6. может есть другая идея как всё это организовать?

Можно сделать шары на рабочих станциях и забирать файлы в архив, по сети скриптом.