АртемЪ

Это сделать можно, но не с вашим железом, нужен более функциональный роутер, например mikrotik.

Всё это нужно для того, чтобы обеспечить более стабильное соединение.

Это делают для того, чтобы при отключении одного провайдера работать на другом. Надо понимать что переключение происходит не мгновенно. Несколько секунд или минут после сбоя интернета не будет вообще, потом переключится на другой канал.

На HDD два логических диска по 20 Гб для /var/tmp и /var/log

Эти разделы однозначно на SSD.
Туда же swap.
По поводу home - все зависит от того где вы будете размещать файлы сайта.
Желательно чтобы БД и скрипты тоже были на SSD.

Медиафайлы, и прочее тяжелое и редкоизменяемое на HDD.

Общий принцип прост - что часто изменяется и перезаписывается, а так же критично к скорости чтения, записи -
на SSD, остальное на HDD.

Как разбивать SSD диск для максимальной работоспособности?

Как угодно.
Нужно ли оставлять резервную область зависит от нескольких вариантов -
1)если не работает TRIM - в этом случае резервную область оставлять обязательно.
2)если на диск будет идти непрерывно большой объем записи, и есть подозрения что штатной резервной области не хватит.

Какой именно объем оставлять это на ваше усмотрение. Тут надо не в % от объема считать, а просто прикинуть какой у вас в среднем поток записи в день, и оставить соответствующий объем.
Например я знаю что за день в среднем записывается около 50Гб и диск забит почти под завязку -оставляю резерв в районе 50гб.

Если вы ставите диск на обычный домашний/офисный комьютер это дело как правило не обязательно, очень мало шансов что упретесь в деградацию по скорости записи.

Таким образом, будут два устройства в цепочке: ADSL-модем, и, через LAN, WiFi-роутер. А от роутера уже подключение ПК и по WiFi. Не возникнет ли проблем?

Интернет я так понимаю подключен по ADSL?
Тогда возможны следующие варианты -

1)Соединяем оба роутера кабелем LAN-LAN
На втором роутере отключаем DHCP - чтобы раздавал адреса и указывал шлюз ADSL роутер, второй роутер будет исключительно как свич и беспроводная точка.

2)Можно соединить LAN adsl роутера с WAN второго роутера и настроить на втором роутере автоматическое получение IP адреса. В этом случае DHCP отключать не надо.
Но такой вариант не рекомендуется - получится двойной NAT.

3)И еще вариант - соединить LAN adsl роутера с WAN второго роутера, adsl роутер перевести в режим моста, на втором роутере настроить подключение к провайдеру, в соответствии с настройками выданными провайдером.
В этом случае как роутер будет работать второй роутер, а первый будет работать исключительно в режиме модема.

iptables
Добавляем разрешения для всех белых сайтов.
Добавляем запрет для http трафика
Хотя такая штука порежет кроме собственно сайтов и все приложения которые скажем качают обновления или просто общаются со своими серверами по этому протоколу.