На HDD два логических диска по 20 Гб для /var/tmp и /var/log
Эти разделы однозначно на SSD.
Туда же swap.
По поводу home - все зависит от того где вы будете размещать файлы сайта.
Желательно чтобы БД и скрипты тоже были на SSD.
Медиафайлы, и прочее тяжелое и редкоизменяемое на HDD.
Общий принцип прост - что часто изменяется и перезаписывается, а так же критично к скорости чтения, записи -
на SSD, остальное на HDD.