АртемЪ

Да кто же знает что там у вас, как настроено и где проблема.
Смотрите выгружается ли телефон с сайта.
Если не выгружается - правьте выгрузку, если выгружается, смотрите на стороне 1с правила загрузки, и исправляйте.

Ну по сути вы загружаете на компьютер пользователя вредоносное ПО.
Поэтому пользователи соврешенно логично возмущаются.
А против вас вполне вероятно будут предприняты меры - от блокировки, до преследования по закону(маловероятно).
Не загружайте на компьютер пользователей вредоносное ПО и все будет хорошо.
Каким образом вы это сделаете - не важно, это уж ваши проблемы.

Думаю все будет нормально.
SSD от перегрева не сгорит, просто будет работать медленнее, по идее места для охлаждения должно хватить.
Если будет не хватать - поставите в корпус дополнительный вентилятор.

Все пароли хранятся в захешированном виде.

Пароль нельзя хранить в захешированном виде.
Либо вы храните пароль, либо вы не храните пароль.
В вашем случае пароль не хранится, хранится хэш.

Насколько надежен этот хеш?

Смотря что подразумевать по надежностью.

Реально ли получить исходный пароль зная хеш?

Нет, это невозможно в принципе.

Как бы ни хранился пароль, его все равно возможно подобрать

Поэтому его и не хранят, хранят его хэш.

Я хочу сделать так, что после 3-х неверных попыток пароль можно было ввести спусти 5 минут.

Это нормальная практика, только 5минут пожалуй много, начать стоит с 10-15секунд.

Но как это реализовать?

Хранить время попыток входа - удачных и неудачных. При попытке входа считать количество времени прошедшее с последней попытки, и если она неуспешна, блокровать.

Я подумал начать изучать криптографию, чтобы улучшить защиту и хранить не хеш пароля, а хеш шифра пароля.

Когда изучите криптографию, поймете что это чушь.
Постараюсь объяснить -
7f1faa82a84c11d68e301cd04680609d - Это хэш фильма Аватар в FullHD качестве, весом 50Гигабайт.
Вы сможете из этих цифр восстановить 50гигабайт видео?
Еще пример -
Вот допустим пароль 123456789
Вот алгоритм хэширования- считаем количество цифр.
У вас получится восстановить пароль 123456789 зная что его хэш равен 9 ?
Это конечно очень примитивный алгоритм хэширования, и на практике использовать его нельзя из-за большого количества коллизий, но тем не менее это хэширование.

Запускайте скрипт подключившись по тимвьюверу или локально. Что в принципе одно и тоже.
По RDP работать не будет.

в чем может быть проблема?

Свернули окно или отключились - пользователя нет за компьютером, система не выводит графику на экран.
Если у вас скрипт работает с объектами рабочего стола - он не будет работать так как этих объектов попросту не будет.
Только и всего.