Создать можно где угодно формат открытый. Если найдете утилиту работающую под нужной ОС и умеющую создавать VHD - без проблем.
Просто непонятно какой вам смысл в пустом контейнере?
Вот когда ставить будете, и создадите контейнер.
Я почитал про такие контейнеры и вроде как это возможно только из самой винды.
Неправда.
Контейнер это обычный файл, имеющий определенную структуру. В открытом доступе есть четкие спецификации на структуру.
Поэтому нужно просто создать файл и записать в него некоторые известные данные, вот и создание контейнера.
Я не встречал ОС не умеющих записывать файлы.