В настоящий момент С# (asp.net) имеет целый ряд преимуществ над тем, что нам дает Java (в плане удобства и синтаксиса языка). Это правда!
Проблема заключается в том, что Java появился раньше, Java был открытым для использования на Linux. В итоге под сервера на Java написали огромный список уникальных решений, которые сейчас используют топовые команды (посмотри, что такое хадуп, например). В итоге, компании либо не видели смысла переписывать все на C#, так как уже имели билды на Java, либо не хотели тратить время на разработку того, что уже есть на Java.
Именно по этой причине Microsoft сейчас активно начинает спариваться с Linux и везде кричит, что они его любят.
Что касается текущего состояния, то сейчас достаточно много компаний, кто начинает писать свои системы на С# (asp.net) - чаще всего новые компании, например, Додо-Пицца. Но старички с Java уже просто не слезут.