У Вас два варианта:
Вариант 1. Собираете все свои скрипты в asset (пример см. в /assets/AppAsset.php) и ставите ассету зависимость от JqueryAsset:
public $depends = [
// 'yii\web\YiiAsset',
'yii\web\JqueryAsset',
];
Соответственно, регистрируете ассет в нужном месте.
Вариант 2. В конфиге, в разделе "components", прописываете:
'assetManager' => [
'bundles' => [
'yii\web\JqueryAsset' => [
'sourcePath' => null,
'js' => ['//code.jquery.com/jquery-1.11.0-beta3.min.js'] // тут путь до Вашего экземпляра jquery
],
],
],
Аналогичным образом, кстати, можно переопределять вообще любые скрипты и css. Очень удобно в случаях, когда выходит новая версия (например, BS 3.1) а в Yii2 она, к примеру, пока не ожидается.
PS. Оставьте в покое русское сообщество, оно мертво. Вся движуха на английском.