когда в параметрах запуска присутствует debug и при создании объекта класса logging явно не указан уровень логиирования вполне ожидаемо, что любой импортируемый модуль будет спамить в дебаг все подробности своей работы
при создании логгера нужно указывать уровень выше debug, чтобы избежать нежелательного спама
а если нужен дебаг, то можно ручками для sqlite в данном случае, вот так указать ему нужный уровень
sqlite_log = logging.getLogger("sqlite")
sqlite_log.setLevel(logging.ERROR)