где единственным преимуществом Java выделяют его структурированность и чистоту (что на php пишут плохо, и потом это все поддерживать сложно).
Это уже не так.
то в нем нет недостатков php
Простите, каких?
Получается ли это, что веб-приложения на Python, лучше приложений на Java?
Нет. Разные сферы применения языков.
Python используют, когда надо быстро что-то сделать. Например, в стартапах. В приоритете стоимость и скорость разработки. Но поддержка приложения в десятки человеколет на питоне крайне сложна, для таких задач он плохо подходит.
Java используют для длительных больших проектов, когда основной приоритет - стоимость поддержки.
PHP в этом случае уникален, т.к. в нем есть разные инструменты, подходящие под оба этих случая.