В современных осях загрузчик распух и не влезает целиком в загрузочный сектор :)
Поэтому он состоит из как минимум двух частей - одна часть в загрузочном секторе и предназначена для отображения меню вариантов загрузки, выбор которых приводит к загрузке и выполнению второй части загрузчика, которая может располагаться где угодно (главное чтобы первая часть загрузчика знала, где именно).
При установке Windows любые сторонние загрузчики просто игнорируются и затираются.
При установке Linux сторонние загрузчики при необходимости копируются в специальный файл и организуется "цепная загрузка" - переход к загрузке других операционок (например Windows) выбором пункта меню в загрузчике. Ничего руками никуда не нужно переносить, инсталлятор всё сделает сам, главное правильно ответить на вопрос "что делать" когда инсталлятор обнаружит наличие других осей.