Если диск смотирован в системе перед сном, то в её оперативной памяти содержится закэшированная структура файловой системы. Если с этим же диском будет работать затем другая операционная система, то внесённые ею в файловую систему изменения будут не совпадать с данными, находящимися в памяти уснувшей, и после пробуждения из спячки результат непредсказуем. Как минимум потерянные файлы, как максимум - полная порча файловой системы и BSOD.
До тех пор, пока тома/диски других систем не используются текущей системой, её можно ложить в сон и пользоваться другими осями, не трогающими разделы уже спящей системы.
