Я не пхп программер, но сделал бы так.
обернул бы каждую операцию, что хотим измерить в примерно такой код
$start = microtime(true);
// Your code goes here.
$end = microtime(true);
echo 'Total script execution time: ', ($end - $start), '.';
вместо echo использовать какой-нибуть логгер. Вообщем обычный StopWatch.
Это если нужно быстрое решение, для более глубого анализа, наверняка есть хорошиие утилиты.
