Какой протокол ВПН ? Я правильно понял что впн клиент на другом телефоне?
Я встречал такое только 1 раз, когда Ростелеком резал всю скорость у клиента, если было хоть одно подключение pptp зашифрованное, на каком то другом устройстве.
Вообще это никак не должно влиять, если только провайдер не пытается расшифровать \ замедлить ВПН траффик