AppData - системная скрытая папка юзера. Используется прогами обычно только для темп файлов.
ProgramFiles - обычная папка, созданная по умолчанию для установки программ.
Темп файл лучше хранить в appdata - потом удалять.
Остальное не подскажу, не разраб. Но мне как пользователю удобно когда файлы проги разбиты на подпапки. Типа - bin,music,data... а exe в корне