Про надежность аппаратного рейда (на материнке) - самое ненадежное, так как материнки и рейд контроллеры других производителей не смогут подключить этот массив (существуют утилиты по копированию данных софтварно, но не конвертации), поэтому не создавай себе проблем и не попадайся на вендорлок.
Советую только софтварный рейд.
p.s. Об аппаратных думать надо когда контроллеры будут стоимостью с полноценный комп и то я бы дважды подумал и посчитал бы деньги
Про новую винду, возможна ситуация когда для подключения рейда понадобится его включить в менеджере дисков (он будет со статусом offline) но чаще все происходит автоматически.
Про разделы, не создавай себе проблем, не дели разделы по задачам, если это не разные операционные системы (т.е. к примеру установить две разные системы на один диск), так как место оно не резиновое, и выискивать когда оно закончится по остаткам на кучи разделов будет неудобно.