Если:
>Ежедневно в таблицу добавляется около 100к записей, и поэтому таблица очень большая.
и возникает проблема с 5k элементов - Ваш сайт не будет работать.
Решение проблемы:
1 - индексные поля
2 - InnoDB
3 - масштабирование базы
4 - ...
Этой информации недостаточно. Проверьте и добавьте в ваше сообщение такие участки кода: есть ли в layout файле подключение csrf с помощью хелпера Html; используете ли вы для отображения формы виджет ActionForm или хелпер Html::beginForm (они автоматически добавляют CSRF-метку); если используете - поставили ли POST.
Запуск скрипта относительно трудоемкая штука. Попробуйте передавать в скрипты id-шники не по одному, а пачками, а в скрипте обрабатывать их в цикле.
Но тут надо смотреть по логике, что именно делает скрипт и как можно оптимизировать его логику работы. Например кешировать рещультаты выборки из бд. Записывать результаты один раз в конце запроса, а не по одному (если это возможно). Какая версия PHP стоит, включен ли кеш байт кода?
