Может ли начальник внутренним приказом установить размеры штрафов?
Нет.
Но как правило в ТД указывается не полностью ставка, на которую берут, а оклад, который обычно 2/3 от ставки. А 1/3 составляет премия, которую могут не дать полностью или частично - и тут работодатель будет прав, потому что это
не штраф :) Это лишение премии, которое ТК не регламентирует. Зачастую в конторе даже бумага есть, которая регламентирует, как и за что снижается премия.