В общем так. Если хотите чтобы было хорошо - наймите хорошего фронтендера. Я серьезно, я очень много сталкиваюсь с тем что пишут дотнетчики на фронтенде и серьезно, ребят, вы вполне можете быть очень хороши в своей среде обитания, но ваши правила, ваши законы здесь не работают. Ангуляр - это не какой-нибудь там реакт (хотя тот тоже нужно учить), он большой, с ним нужно жить, чтобы писать нормальный приложения. Нельзя просто так сходу взять и начать писать, десяток хороших реализованных проектов - и уже можно о чем-то говорить, в противном случае - нет.
Когда найдете хорошего фронтендера - с ним определитесь о стратегии работы. И еще раз подумайте - нужно ли вам переносить приложение на Angular? (P.S. для версии 2+ используется аббревиатура Angular, для версий < 2 - AngularJS)
Есть два варианта - использовать специальные интсрументы ангуляра, которые помогут вам задействовать код из AngularJS, тем самым вы будете переписывать приложение постепенно, но это скорее миф, чем реальность. На самом деле проще писать совсем с нуля помодульно. Опять же, хороший фронтендер вам это разъяснит подробно опираясь на то что у вас есть.
Собственно второй и на мой взгляд оптимальный - писать с нуля, используя логику из старого проекта, но при этом с чистого листа. Возможно где-то будет иметь смысл пересмотреть архитектурные решения.
По поводу выноса как отдельный инстанс - да, это верное решение. Не мешайте это все, мухи отдельно, котлеты отдельно.
Если решите все же делать сами, то возьмите
Angular CLI для начала, но ближе к production я вам советую собрать собственный webpack конфиг, потому что этот CLI делает чудовищно здоровые бандлы и я не знаю решат ли они эту проблему в ближайшее время.
Если будет нужен фронтендер, то свяжитесь со мной, я вам помогу их найти по возможности.