В своих проектах использую следующую структуру папок для sass:
- sass
-- blocks (Какие-то отдельные блоки по типу input, button, form, popup)
-- core (Базовые стили которые я таскаю из проекта в проект)
--- base.sass (Базовые стили, sass-плейсхолдеры)
--- animation.sass (Анимации)
--- settings.sass (Настройки проекта, цветовые схемы, шрифты, размеры экранов)
--- media.sass (Миксины для медиа запросов)
--- type.sass (Типографика)
-- layouts (Лейауты страниц типа header, footer)
-- pages (Стили для различных страниц)
-- plugins (Сюда помещаю css файлы плагинов с расширением .scss)
По поводу миксинов типа box-shadow, flex не использу, т.к. после компиляции sass -> css обрабатываю автопрефиксером и на выходе получаю все вендорные префиксы для flex
Если интересно, могу скинуть в скайпе проект
skype: lithium100500