Порядок действий после того как готова верстка + js?
После этого писать серверную часть, или ручками или взять готовую CMS - это уже зависит полностью от задачи.
Нужен ли php для динамичности и наполнения контента или есть альтернатива?
Любой серверный язык, чтобы он мог что-то записывать/изменять/брать данные из бд. Это может быть не только пыха, но и руби, пайтон и много ещё всего.
Что нужно для оплаты через сайт со стороны разработчик (помимо расчетного счета от клиента и тд.)
Полностью зависит от того какие способы оплаты нужно будет реализовать. От подключения классики типа робокасы до своих костылей - тут индивидуально.