AlexVWill

установить одновременно и клиента Xray vless и Opnsense, чтобы они работали совместно

А в чем собственно проблема то? клиент Xray vless это прокси-клиент, Opensence - это вообще ОС для марштуризатора. Надо больше конкретики, что в мануалах, прочитанных тобой неясно, или какие ошибки при установке или настройке того или иного ты не мог исправить?
Хинт: nekoray например умеет создавать виртуальный сетевой интерфейс tun, на него можно завернуть марштуризацию всего трафика через NAT.

В связи с ограниченностью возможностей микротик по использованию актуальных протоколов

На сервере поднимай Softether VPN server c SSTP протоколом, на микротике поднимай SSTP клиента, и будет все работать по прежнему, с адресными листами и будет полноценный VPN канал без плясок с бубном и без блокировки.

Один советует ставить дебиан, хотя его про это не просили, другой тем более несёт какую то ахинею про дебиан, хотя его тоже про это не просили, третий не стого, ни с сего сравнивает траблы на конкретной железке, хотя его тоже это не просили.
Вы хоть вопрос то прочитайте, прежде чем писать эту всю лабуду?
Ответ на вопрос - да, манжаро стабилен, также как Арч и дебиан на конкретной железке если они были изначально стабильны и у юзера руки не из жопы и не жопа вместо головы.
А если нет, то ни Арч, ни кали и не Федора ему не помогут, потому что все надо делать с умом, или в ином случае или если вы девочка покупать макбук.

Если нужно скачивать именно через браузер, то можно это делать либо средствами самого Apache2, либо установить любой php файловый менеджер, например tiny file manager https://tinyfilemanager.github.io/

как я могу прикрутить туда логирование, чтобы смотреть, какие сайты посещаю

Никак...
WG не будет тебе показывать какие сайты ты посещаешь, у него совсем другая задача. Для реализации того, что ты хочешь, тебе нужен собственный DNS сервер поднять, и все DNS запросы вести через него, тогда в логах ты увидишь нормальные URL, к которым было обращение.
Смотри в сторону Bind9, или лучше AdGuardHome или PiHole/

После последнего обновления shim и/или до 24.04.01 вопрос решился.

подскажите как лучше поступить

уже давно хочу что бы дома везде был UNIX подобные операционки

Ну и на кой черт тебе тогда винда вообще и NTFS в частности? Скачай Ubuntu server последний, разметь все диски на Ext4. поставь Samba + SSHFS и лови дзен.
Если прям так нужны разделы с NTFS что прям жить без них не можешь, то последние версии Linux поддерживают эту ф.с. на уровне ядра с небольшими ограничениями но на обычные чтение/запись это не влияет.

Начал было писать вариант решения, но потом понял что много писанины получится, а варианты могут быть разные, и до меня уже писали. На Хабре лежит неплохая статья по этой теме, можно попробовать реализовать, особенно по варианту 4, только когда оба клиента подключаются к ssh, или вообще сделать ssh vpn туннель, короче, надо пробовать...

Lubuntu

chmod -R 770 / - корректно будет?

если хочешь всю систему нахрен завалить чтобы она не работала - то да
а ответ на твой вопрос - не надо ничего делать специально, что ты хочешь - система уже по умолчанию делает, не мешай ей работать