Ситикэт правильно говорит. Для обеспечения ваших нужды нужны три разные программы. Трекер, возможно, со встроенным функционалом a la wiki. Редмайн для этого вполне подходит, да. Как вариант -- можно посмотреть на YouTrack. До 10 пользователей бесплатно можно пользоваться. Но ютрек -- это чистый таск-трекер. Там нет возможности документацию вести.
Пароли -- нужно использовать менеджер паролей. Мы юзаем KeePass, он неплох.
Хранение конфигов/скриптов -- SVN. Некоторые предпочитают гит, но на мой взгляд, для хранения конфигов он не подходит. Одна только необходимость тащить локально всю репу на каждый сервер (т. е. все конфиги всех серверов) уже ставит под большое сомнение возможность его использования в этом сценарии. Да, это обходится -- можно выдёргивать отдельные участки репы, но это уже пляски с бубном. SVN для хранения конфигов подходит гораздо лучше.
Скрипты да, можно хранить в чём угодно. Но с точки зрения инфраструктуры, я бы не плодил лишние сущности, т. е. если использовать SVN для хранения конфигов, то там же лучше и скрипты хранить.
Мы делали в своё время систему сбора и хранения конфигов на базе SVN, с авто-коммитами раз в сутки и рассылкой оповещений по сделанным изменениям на мыло всем в отделе. Причём авто-коммит не рассылался, рассылались только оповещения при ручных коммитах, т. е. там, где были комментарии к коммитам.
Для документирования -- любой движок, например, тот же dokuwiki.
И насчёт доступа фрилансерам тоже правильно сказали -- фрилансеру выдаётся временный аккаунт в таск-трекере, выдаются временные необходимые доступы, и при закрытии задачи всё зачищается. Если ему нужны какие-то документашки, то наверное, проще их экспортировать в PDF и ему скидывать.