Никак
Только если попробовать выставить дефолтные 755, но не факт что раньше было так же.
По идее пострадали не только папки, но все файлы стали исполняемые
Проще переставить систему )
Welaurs: самое правильное.
бекапнуть /etc /home (и прочие нужные папки) и список пакетов в в системе.
накатить по-новой доинсталить пакеты из сохраненного списка, подсунуть сохраненные папки.