Вы путаете кислое с пресным.
KDE и Gnome - это окружения рабочего стола, DE.
Они состоят из набора программ, но вы, пользуясь Кедами, вряд ли будете пытаться воткнуть в него, скажем, панель из Гнома - в этом просто нет особенного смысла.
Вы имеете в виду программы, написанные, соответственно, на библиотеках Qt и GTK, на которых написаны соответствующие DE.
Так вот, если программа написана на одной из этих библиотек - ей, естественно, нужны файлы этой библиотеки. Возможно, в дистрибутиве с другим DE "из коробки" их нет - и нужно доставить из репозитория, одной командой. Никаких проблем с этим обычно нет.
Второй момент - то DE, в котором вы работаете, вы настраиваете под себя - темы, шрифты и прочие иконки. По факту, вы задаете настройки работы все той же библиотеки, на которой базируется это DE. Но настройки другой библиотеки вы не сделали, и она будет использовать настройки по умолчанию. Хотите, чтобы программы выглядели однородно - либо не делайте сильно нестандартных настроек, либо доставляйте инструменты настройки из обоих DE.
