AUser0

Согласно приведенному тексту Apache все запросы к несуществующему файлу в директории с этим .htaccess перенаправляет на index.php.
Создайте файл why-are-we-sitemap.xml в корневой директории сайта - и Redirect 301 начнет срабатывать.

Сначала скоруйте содержимое mikrotik/.ssh/.id2_rsa.pub в файл 178.154.249.68:/home/ainar/.ssh/.authorized_keys, а уж потом пытайтесь использовать этот publickey.

Переменная $user не определена внутри функции addUser(), в момент первого использования конечно. Кстати, это ошибка, PHP должен был об этом настойчиво сообщить.

Если есть SSH-доступ в виртуальную машину - значит будет работать и WinSCP. Это аналог FTP-клиента, но по SSH.

На сервере с IP 3.137.41.2 команда

iptables -t nat -I POSTROUTING -d 3.137.41.2 -p tcp --dport 25565 -j DNAT --to-destination 3.129.52.75

Разумеется на этом сервере должен быть включен IP forwarding: sysctl net.ipv4.ip_forward=1

Что-то не видно, каким образом весь трафик клиентов, использующих Малинку как шлюз, направляется в VPN.
Ещё более странным выглядит ip rule 217: from all lookup main suppress_prefixlength 0, которое просто повторяет стандартное правило 32766: from all lookup main.
Либо в случае VPN-соединения routes выглядят совсем по другому, либо что-то еще. Потому что вот с этой конфигурацией клиенты из Интернета должны спокойно получать доступ к DNS. Может что-то есть в iptables?
А что даёт ip route show table 220?

Вообще-то пользовательских настроек у mysqld_safe нет, для запуска сервера они не используются.
И настройки именно сервера обычно хранятся в /etc/my.cnf. При ручном запуске mysqld_safe можно указать свой my.cnf.

Настройки пользователя лежат в директории пользователя ~/.my.cnf, и как правило настраивают подключение mysql-клиента к mysqld-серверу. На работу сервера они НЕ ВЛИЯЮТ, они влияют на подключение к серверу.

Если хотите увидеть все записи на диск(и) - используйте Sysinternals Process Monitor, он всё-всё-всё покажет.

Поскольку у вас в определении формы в action не вписан никакой id (например action="/vendor/wall.php?id=111"), то и переменная $_GET['id'] во время исполнения PHP-скрипта не определена, не существует, не назначена, поэтому и код внутри if (isset($_GET['id'])) не должен отрабатываться.

Но лучше не вписывать id внутрь action, а добавить в форму скрытую переменную <input type=hidden name=id value='{$row['id']}'>, и поменять в скрипте на $_POST['id'].

Обычно Linux-дестрибутивы во время установки реагируют на комбинации клавиш Ctrl-Alt-F1, Ctrl-Alt-F2, Ctrl-Alt-F3 и Ctrl-Alt-F4. Как правило этих комбинаций хватает для переключения на консоль логов и на консоль с командной строкой. Переключение на графический экран вполне может оказаться на Ctrl-Alt-F6 или на Ctrl-Alt-F8.
P.S. Если не срабатывает Ctrl-Alt-F1 - пробуйте Alt-F1.

Запустите автонастройку монитора - монитор сам выровняет.
Или вручную настройте размер/положение декстопа на экране.

Однако первый пинг должен быть таким:
ping -4 -n 1 %ip%| find/i "TTL=" && ( TIMEOUT /T 300 /NOBREAK ; goto # )

Как выглядит строка $cook в функции open()?
В ней должен быть только текст "PHPSESSID=kg0m06ko0p1fi3aipi4g3jbb44", исключительно и только, и ничего более.

Поддержка PDO есть в самом php-mysql модуле, поэтому делается через команды:

sudo apt-get install php-mysql
sudo phpenmod pdo_mysql
sudo service apache2 restart

Последняя команда - это при условии, что у вас PHP работает из-под Apache.
А можно просто перезагрузить сервер, не разбираясь, под чем он там работает...