Входящий трафик (запрос к HTTP-сервису) можно контролировать в самом Apache/NGINX/другой web-сервер.
Если сайт написан на PHP - там тоже можно контролировать размер запроса, но уже пост-фактум (выдавётся ошибка, если превышен лимит в XXX Mb). Исходящий размер тоже можно контролировать, например в PHP-скриптах - не генерировать огромных ответов.
Только непонятно, нахрен это всё? У вас помегабайтная оплата трафика? Или из принципа "назло бабушке уши отморозим"? Пользователей потеряете же, из-за глючащего сайта...