AUser0

На сервере с IP 3.137.41.2 команда

iptables -t nat -I POSTROUTING -d 3.137.41.2 -p tcp --dport 25565 -j DNAT --to-destination 3.129.52.75

Разумеется на этом сервере должен быть включен IP forwarding: sysctl net.ipv4.ip_forward=1

Что-то не видно, каким образом весь трафик клиентов, использующих Малинку как шлюз, направляется в VPN.
Ещё более странным выглядит ip rule 217: from all lookup main suppress_prefixlength 0, которое просто повторяет стандартное правило 32766: from all lookup main.
Либо в случае VPN-соединения routes выглядят совсем по другому, либо что-то еще. Потому что вот с этой конфигурацией клиенты из Интернета должны спокойно получать доступ к DNS. Может что-то есть в iptables?
А что даёт ip route show table 220?

Вообще-то пользовательских настроек у mysqld_safe нет, для запуска сервера они не используются.
И настройки именно сервера обычно хранятся в /etc/my.cnf. При ручном запуске mysqld_safe можно указать свой my.cnf.

Настройки пользователя лежат в директории пользователя ~/.my.cnf, и как правило настраивают подключение mysql-клиента к mysqld-серверу. На работу сервера они НЕ ВЛИЯЮТ, они влияют на подключение к серверу.

Если хотите увидеть все записи на диск(и) - используйте Sysinternals Process Monitor, он всё-всё-всё покажет.

Поскольку у вас в определении формы в action не вписан никакой id (например action="/vendor/wall.php?id=111"), то и переменная $_GET['id'] во время исполнения PHP-скрипта не определена, не существует, не назначена, поэтому и код внутри if (isset($_GET['id'])) не должен отрабатываться.

Но лучше не вписывать id внутрь action, а добавить в форму скрытую переменную <input type=hidden name=id value='{$row['id']}'>, и поменять в скрипте на $_POST['id'].

Обычно Linux-дестрибутивы во время установки реагируют на комбинации клавиш Ctrl-Alt-F1, Ctrl-Alt-F2, Ctrl-Alt-F3 и Ctrl-Alt-F4. Как правило этих комбинаций хватает для переключения на консоль логов и на консоль с командной строкой. Переключение на графический экран вполне может оказаться на Ctrl-Alt-F6 или на Ctrl-Alt-F8.
P.S. Если не срабатывает Ctrl-Alt-F1 - пробуйте Alt-F1.

Запустите автонастройку монитора - монитор сам выровняет.
Или вручную настройте размер/положение декстопа на экране.

Однако первый пинг должен быть таким:
ping -4 -n 1 %ip%| find/i "TTL=" && ( TIMEOUT /T 300 /NOBREAK ; goto # )

Как выглядит строка $cook в функции open()?
В ней должен быть только текст "PHPSESSID=kg0m06ko0p1fi3aipi4g3jbb44", исключительно и только, и ничего более.

Поддержка PDO есть в самом php-mysql модуле, поэтому делается через команды:

sudo apt-get install php-mysql
sudo phpenmod pdo_mysql
sudo service apache2 restart

Последняя команда - это при условии, что у вас PHP работает из-под Apache.
А можно просто перезагрузить сервер, не разбираясь, под чем он там работает...

Думаю вам помогут настройка на учащённое сканирование и принудительное сканирование при каждой загрузке.

Во-первых замените dirname() на realpath(). Во-вторых, второй DIRECTORY_SEPARATOR перенесите внутрь круглых скобок realpath(). И в-третьих, не создавайте новых файлов в директории, из которой как раз читаете. Собирайте вывод в переменную, а уже после окончания сканирования директории (т.е. снаружи foreach (scandir($dir) as $node) {}) создавайте файл в сканируемой директории.

Адрес keenetic.zendesk.com - это настоящий адрес сервера, на котором хостится сайт help.keenetic.com, о чём и сообщает nslookup. Кстати, если сделать chcp 1250, то nslookup заговорит англицким голоском.

А вот почему этот сайт недоступен именно с вашего адреса - уже сказать намного сложнее, нужно отслеживать всю цепочку. Кстати, в этой цепочке участвуют сервера CloudFlare, может всё из-за них?

Можно попытаться исключить браузеры из проблемы, проверив командой:
telnet help.keenetic.com 80
Если коннект случится, а экран очистится - это уже хорошо, значит физически связь есть. Тогда в пустое окно скопируйте-вставьте следующее:

GET http://help.keenetic.com/ HTTP/1.0
Host: help.keenetic.com

Причём вставлять нужно все 3 строки, две с текстом и одну пустую. Это аналог запроса, который посылают браузеры. Если всё в порядке - появится ответ HTTP-сервера о перенаправлении на адрес https://help.keenetic.com/hc, и следовательно виноват браузер или какой-то прокси-сервер.

А если не в порядке, или коннект просто не начинался - значит где-то трафик режется, нужно искать...