> в отчете "общение с заказчиком"
Да, это оплачивается. Это потраченное рабочее время, при том зачастую потраченное куда напряженнее, чем сама работа.
> время на устранение багов
Зависит от.
Если баг в стиле "у нас тут в IE5 стили разъехались", а в ТЗ это оговорено не было - то оплачивается. Если баг вида "тут сумма считается неправильно в скрипте, который ты писал" - то нет, это незаконченная работа.
Если баг возник в существующей системе - то, опять же, so-so. Если там лапша, в которую невозможно залезть без ломания чего либо - то, скорее всего, да.