После отключения пользователя сеанс продолжает работу, ничего не надо заставлять, все уже сделано.
Завершение сеанс происходит после выхода.
некоторые программы на сервере теряют фокус и перестают корректно работать
Это после отключение RDP такое бывает.
Что вполне логично.
После того как пользователь свернул RPP подключение, то все программы продолжают работать.
Но вот рабочего стола нет, на экран ничего не выводится.
Поэтому никакого "фокуса" быть попросту не может - на чем там фокусироваться если на экран ничего не выводится? Поэтому программы все работают корректно.
таким образом та учетная запись к которой я подключался оставалась активной, даже после того, как я отключался от сервера,
Ого, целый ритуал. Бубна не хватает.
Не используйте RDP и будет вам счастье.