Не создавайте индексы до добавления данных.
Типичный дамп БД состоит из двух разделов:
1. структура БД
2. данные БД
В структуре БД создаются таблицы: их поля и индексы.
Вам нужно вырезать код этих индексов и добавить создание индексов в конец дампа.
Тогда скорость импорта дампа вырастет раз в 50.
Также на скорость работы влияет тип таблиц - myisam работает быстрее innodb.