Проблема решена путем изменения приоритетов загрузки.
В BIOS сам жесткий диск, где стояла винда был в списке приоритетов на 10 месте, а USB устройства на 2 месте. Я поставил жесткий диск на 2 место и попробовал запуститься с флешкой и без. В обоих случаях Windows успешно загрузилась.
Проблема решена.