Потому что накопитель бюджетный.

https://www.overclockers.ua/storage/kingston-ssdno...

В реальных сценариях копирования большого массива информации, контроллер не успевает справляться с интенсивной нагрузкой, что приводит к кратковременному проседанию скорости записи вплоть до 3–5 Мбайт/с.

Если материнка имеет 4 порта SATAIII 6Gbps - это на каждый порт или на все диски делится?

На каждый

Спрашиваю потому как подключил 4 диска к ПК и при копировании с диска на диск получаю 100-120МБ\с

А что за диски? Может быть для них это нормальная скорость.

При копировании между двумя sata ssd скорости выше 400 мегабайт в секунду вполне достижимы.

Здесь указывается

ну там же ответили: один воркер может проснуться и «схапать» все ожидающие входящие соединения, в результате будет дисбаланс ну и вообще не очень хорошо.

Как стоит поступить на многоядерной системе Debian 11 x64?

правила простые: если что-то не понимаете — не меняете, дефолт нжинкса достаточно хорош для большинства применений.

Говоря простым языком, на сайте может быть онлайн более одного человека при multi_accept off?

ИМХО проще взять и проверить, чем тут спрашивать.

но раз уж спросили: да, вполне обычное дело иметь сотни-тысячи активных соединений на воркера.

плюс принцип "Не делай то, что не нужно делать"

ну так и надо использовать уже имеющуюся инфраструктуру, а не устраивать «закат солнца вручную»

вариант 1:
первая ссылка в гугле по «python pid file»:
https://pypi.org/project/python-pidfile/

вариант 2:

Да и условия эксплуатации скрипта - только cron.

независимо от нашего отношения в systemd, нам с ним жить. и этот функционал там из коробки:
https://unix.stackexchange.com/questions/203254/do...
так что если скрипт linux-only, я бы просто сделал запуск не из крона, а таймерами systemd, и пусть уже сам systemd следит завершился предыдущий экземпляр или нет.