Есть масса путей.
Например, загружаемся в single-user mode. И копируем систему - либо пофайлово, либо весь диск. Второй вариант хорош, если диски одинаковые - тогда можно копировать прямо весь диск, скопируется и разбиение на разделы. А пофайлово - надо создать и отформатировать разделы; и тут надо осторожно, не перепутать диски; зато тут на target-диске будет дефрагментация.