Лучше взять такой корпус, чтобы влезли все диски.
Кулер лучше взять подходящий под задачи сервера. Если высоконагруженный, то можно взять помощнее, если слабонагруженный, то можно взять послабее или вообще без вентилятора (если файлопомойка, например).
Если сервер будет стоять дома, то лучше взять что-то потише, можно даже воду.