На Upwork принято пользоваться их программой, которая будет подсчитывать часы и делать скриншот каждые 10 минут.
Вне Upwork каждый считает часы, как хочет. Кто-то в блокноте. Я люблю сервис toggl.
Естественно всё построено на доверии. Количество часов должно соответствовать ожиданию заказчика и некой адекватной норме. Если часов получилось много, то вы должны уметь объяснить их.
Подводные камни - это как считать нерабочие часы? Туалет, чтение документации, обсуждение с друзьями, 10-минутные перерывы. Тут каждый решает сам.