Боюсь компаний, способных на такие эксперименты в мире по пальцам можно пересчитать, не думаю что вы найдете готовый софт.
Если во время инвентаризации на складе никого не будет (важный момент) и вы готовы при заметных изменениях проводить ручное сканирование (коптер с лидаром управляется вручную), то можно попробовать подобрать железо, со следующими возможностями - детектор препятствий и навигация внутри помещений. В качестве полезной нагрузки у коптера должен быть лидар (при должном красноглазии можно сэкономить и присобачить интелевскую 3d-камеру, там есть модели 1-10 метров и миллиметровые точности) либо высококачественная камера с картой памяти.
О полной автоматике даже не мечтайте, выглядеть все будет как - вы вручную сканируете помещение (можно руками или управляя коптером с лидаром), затем на основе этого скана собираете точную карту и уже на ее основе вручную же строите план полета. Коптер должен уметь летать по плану и автоматом возвращаться на базу, если обнаружит препятстсвие и не сможет его облететь (это создаст проблему в софте но решаемую).
После полета вы можете взять собранное видео, его уже можно сканировать на автомате, совмещая время и полетный план можно выявлять на изображении штрихкоды.
p.s. по отдельности все выше сказанное может любой коптер с нужной грузоподъемностью, со внешним автоматизированным управлением (навигация только внешняя, на основе системы видеонаблюдений, (детектить на видео лампочку на коптере в темной комнате сможет любой школьник), но боюсь стоимость интеграции может обойтись в копеечку (настоятельно рекомендую обходиться своими силами) именно потому что на рынке нет готовых предложений.
p.p.s. сканер помещения на основе интелевской камеры была статья на хабре, даже кажется софт в комплекте с sdk как пример идет, но скан нужно будет править по ключевым точкам, так как ошибка накапливается по мере сканирования, в общем много ручной работы.
Сканировать помещение придется не однократно! даже лишний ящик может создать проблемы, поэтому в идеале нужно создать софт, чтобы специальный человек вечером после закрытия склада проходил по нему с камерой и ноутбуком, отмечая ключевые точки, затем загружал собранный скан в редактор, правил его и на его основе правил полетный план. Чем это все делать, без понятия, но как минимум можно найти/написать плагин к 3D редактору, тому же sketchup.
При хорошем качестве камер видеонаблюдений, можно частично автоматизировать решение о необходимости пересканирования помещения, можно совмещать старые и новые изображения помещений, получая из дельты карту изменений (необходимо заранее разметить изображения на области пола и полок), т.е. оператор может пересканировать не все помещение а только изменившиеся части.
UPD:
Кстати, нафиг коптер! нафиг полетный план! это все лишняя работа, изначально задача поставлена неверно!
Каждый день, специально обученный человек проходит по складу, толкая с собой тележку с ноутбуком и 5-10 камерами, которые смотрят в стороны (тележка - потому что склад может быть высоким) и записывают все проезжающие коробки. Проходя каждую следующую стойку, оператор нажимает волшебную кнопочку, которая ищет ближайшую метку на стене, привязывая видеозапись к коду на ней.
Затем все это видео загружается на мощную машину, анализируется, сканируются метки или даже изображения на коробках, при необходимости можно распознать текст (вы не представляете, что можно сделать из качественной фотографии),.. что потом делать с этими данными, думайте сами. Координаты можно определить относительно ключевых меток и инерционной навигацией, либо считать обороты колесиков тележки (на ваш выбор или совместить).
Плюсы - не надо сканировать помещения, не надо никаких квадрокоптеров и т.п. помещение склада так или иначе осматривают по окончанию рабочего дня, пусть это будет делать человек с тележкой. Так же плюсом является возможность использования нескольких камер вместо одной (он же минус - так как количество данных для обработки может оказаться слишком большим).