код 1 от mariadb-wait-ready сам по себе ни о чём не говорит — это просто «mysqld к моменту проверки не поднялся» (скорее упал, а не завис), реальная причина в /var/log/mariadb/mariadb.log (туда же по твоему выводу логирует mysqld_safe). Кинь оттуда последние строк 20-30, без них гадать бессмысленно.
На FreePBX часто банально забивается диск записями разговоров/CDR — для начала глянь df -h /var/lib/mysql. А если увидишь в логе "Database was not shutdown normally" — это не приговор, InnoDB обычно сам накатывает redo-log при старте, просто может занять минуту-другую на большой базе.