1000 одновременных соединений это и для питона не проблема. Лучше понять сколько сообщений и какого объема будет проходить в единицу времени.
Я бы на вашем месте выбрал Java, хотя бы исходя из того, что протокол можно реализовать в виде библиотеки и использовать на Android, а не реализовывать заново.
Во-вторых, я бы выбрал Java из-за развитой экосистемы этой платформы и огромного количества открытых библиотек и инструментов.