сам в свое время искал, хотел систематизировать научные статьи. Иделом было бы хранить файлы в своих папках под нужными мне именами, а программе сказать, где файлы лежат и чтобы она хранить и привязывать к ним теги. и чтобы UI был не убогим :) не нашел. точнее нашел, но для мака :) единственное более менее вменяемое решение —
calibre, однако есть недостатки (для меня): все, что добавляется в библиотеку, физически копируется в нее, файлы с русскими названиями транслитируются. библотека — это просто папка на диске, где для каждой книги создается папка. и еще функционала для меня слишком много. и почему в файловую систему еще не встроили теги? :)