Существует такое понятие, как простая электронная подпись (ПЭП), которой в принципе должно быть достаточно для внутренних документов. Для неё не нужно даже никакие сертификаты или ключи выпускать, не нужно поднимать PKI.
Достаточно просто соглашения, что "документы с которыми сделано X признаются подписанными при помощи ПЭП".
Под X может пониматься, например, нажатие кнопки в интерфейсе внутренней системы документооборота, если для доступа к ней нужен логин+пароль. Можно усложнить это при помощи кода из смс или totp.
Такая схема успешно применяется и в банках, и в государственных структурах.
Есть СЭД Тезис
Попробуйте в поддержке спросить, что нужно, чтобы такое настроить. Почитал я их сайт - они вроде как должны такой сценарий поддерживать.